周期的境界条件

ペアリストを作成する際に必要な「周期的境界条件」とは「初期配置の右端は左端と、上端は下端とつながっていると考える」ことを意味します。下の図では、青い○でマークされた粒子は左端にあり、太い枠線内の右端のオレンジ色でマークされた粒子とは明らかにRmax以上離れていますが、周期的境界条件を適用すると、その粒子はすぐ左隣にあることが分かります。すなわち、これらの粒子は相関ペアとして考慮する必要があるということです。言い換えれば、この２次元格子の一辺の長さをaとすれば、粒子間のある方向の距離が$\frac{a}{2}$以上の場合は、その距離の値からaを引いた値で考えなければいけないということです。